В мониторинге приняло участие 541 федеральное государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования и 994 их филиала, которые занесли в единую информационную систему показатели своей деятельности по 50 параметрам. Ключевыми показателями оценки эффективности деятельности вузов стали: в образовательной деятельности - средний балл ЕГЭ вновь принятых первокурсников, в научно-исследовательской - объем научно-исследовательских опытно-конструкторских работ в расчете на одного научно-педагогического работника, в международной - удельный вес численности иностранных студентов, завершивших освоение основных образовательных программ высшего профессионального образования, в общем выпуске студентов, в финансово-экономической - доходы вуза из всех источников в расчете на одного НПР, в инфраструктуре - общая площадь учебно-лабораторных заданий в расчете на одного студента. В оценке филиалов использовались, кроме этих пяти показателей, еще три: приведенный контингент, доля кандидатов и докторов наук в численности работников ППС - без совместителей, доля работников ППС - без совместителей - в общей численности ППС. В результате, по словам министра Д. Ливанова: "У нас есть полный свод данных о качестве образования в каждом филиале, вузе, регионе. Любой человек может, зайдя на сайт Министерства, оценить, насколько хорошо тот или иной вуз функционирует".
В результате общероссийского мониторинга оказалось, что больше всего вузов, имеющих признаки неэффективности, в группе сельскохозяйственных - 44,23 процента и гуманитарных - 42,86 процента. Из 30 вузов Санкт-Петербурга десять отнесены к категории неэффективных. В Москве таких учебных заведений 20 из 59, причем в их число вошли, например, Государственный университет управления, Литературный институт имени А. М. Горького. Все педагогические вузы столицы и половина сельскохозяйственных имеют признаки неэффективности. А в Санкт-Петербурге ни один из педагогических вузов таких признаков не имеет, но у половины университетов культуры и спорта и сельскохозяйственных, а также более 33 процентов классических они налицо.
К радости выпускников магнитогорских школ и близлежащих районов - Магнитогорский государственный технический университет и его филиал в Белорецке не уличены в наличии порочных признаков неэффективности.