Подготовка книги в ее нынешнем виде началась в 2000 году, а с 2001 года работа по ее созданию велась министерством по радиационной и экологической безопасности Челябинской области в рамках областной целевой программы по оздоровлению экологической обстановки.
В авторском коллективе региональной Красной книги 39 специалистов Ильменского государственного заповедника УрО РАН, Института экологии растений и животных (Екатеринбург), Челябинского государственного педагогического университета, Уральского государственного педагогического университета (Екатеринбург), Ботанического сада УрО РАН (Екатеринбург), ГУ «Специализированный природно-ландшафтный и историко-археологический центр «Аркаим».
По количеству занесенных видов Красная книга Челябинской области превосходит аналогичные издания других регионов, чему имеются объективные причины. В первую очередь, это обуславливается географическим положением Челябинской области – на стыке Европы и Азии, а также наличием в ней нескольких природных зон (высотные тундры, горнолесная, лесостепная, степная зона).
