Как сообщалось, Александр Никитин был арестован в своем кабинете 13 февраля 2001 года в момент получения взятки. Взятку вице-мэру давал магнитогорский предприниматель Вадим Аксенов, один из учредителей предприятия «Автопункт-М», представлявшего на Южном Урале интересы концерна BMW. По версии следствия, поводом для взяток послужил факт сделки, совершенной в 1997 году, когда возглавляемый вице-мэром магнитогорский комитет по управлению имуществом заключил договор о передаче фирме «Автопункт-М» здания площадью 4 тыс. кв. метров в полное хозяйственное ведение на 25 лет без взимания арендной платы. С этого времени Вадим Аксенов исправно выплачивал Никитину мзду. Всего, как установило следствие, было заплачено 221 тыс. рублей.
20 февраля Никитину было предъявлено официальное обвинение по статье 290, часть 4 УК РФ (получение взятки). 25 июня Челябинский областной суд приговорил Никитина к трем с половиной годам лишения свободы с отбыванием срока наказания в колонии строгого режима. Кроме того, еще в течение трех лет Никитину запрещено занимать государственные посты.