С первых дней существования шефство над учебным заведением взяли цехи Магнитогорского метизного завода. В разные десятилетия школу возглавляли Прасковья Старостина-Семенченко, Раиса Саламатова, Валентина Кудряшова, Александр Хохлов, Вячеслав Макарычев, Елена Кадушкина.
В шестидесятые среднему учебному заведению присвоено имя Зои Космодемьянской, создан музей её имени с богатейшим материалом о жизни и подвиге героини, открыт мемориальный бюст у парадного входа. В семидесятые школа одна из первых начала обучение шестилетних детей, а в восьмидесятые стартовало её сотрудничество с вузами. В 1993 году впервые в городе, совместно с лабораторией научно-педагогических исследований Магнитогорского государственного университета, была разработана и проведена защита концепции развития школы. Налажены творческие контакты с вузом, создана экспериментальная площадка "Школа индивидуального образования", дизайн-студия "Линия". В 2001 году школа получила Грант Президента Российской Федерации Владимира Путина за участие в целевой программе приобщения подрастающего поколения к ценностям отечественной и мировой художественной культуры. В 2012 году в рамках программы военно-патриотического воспитания команда школьников достойно представила родной город в областном конкурсе, открыта памятная доска выпускнику - воину-интернационалисту Александру Сердобинцеву. В 2013 году построена современная спортивная площадка. В настоящее время под руководством директора Евгения Тросиненко в школе успешно реализуется региональный проект Челябинской области "Темп".
Добрые традиции живы в школе и поныне. Нынешние педагоги делятся с детьми богатыми знаниями и теплом сердец, внедряют новые технологии и уверенно ведут за собой детей в самостоятельную жизнь. Здесь гордятся выпускниками и их успехами: в истории 49-й - девять золотых и пятнадцать серебряных медалей. Школа остаётся вторым домом для своих учеников.
