Она была основана для таможенного контроля при строительстве прокатного стана "2000" горячей прокатки и стала первой таможней в современной истории Урала. Зонами ее деятельности были пять областей Урала - Пермская, Тюменская, Курганская, Челябинская, Свердловская и Башкирия.
Сегодня в составе Магнитогорской таможни три поста: Магнитогорский железнодорожный, Карталинский и таможенный пост в магнитогорском аэропорту. Ее постоянными партнерами остаются Магнитогорский металлургический комбинат и "Таможенный брокер". Высокие темпы экономического роста, интенсивное внедрение передовых технологий на металлургическом комбинате способствуют дальнейшему совершенствованию таможенных операций. ММК первый в зоне деятельности Магнитогорской таможни стал оформлять грузы в электронном виде и одним из первых внедрил электронное декларирование с использованием международной ассоциации сетей Интернет. Это позволило таможне минимизировать количество бумажных документов, повысить оперативность оформления грузов, уменьшить материальные затраты. Сегодня все ее посты используют электронную форму декларирования. В первом полугодии оформлено 17429 деклараций, из них 90 процентов - в электронном виде.
