В сезоне 1995/96, выступая за клуб "Вайгар" из родного города, был признан лучшим игроком юношеской чешской лиги. Профессиональную карьеру начал в клубе "Зелезарни Тржинец" (ныне "Оцеларжи"). В сезоне 2002/03 Ян набрал 62 очка и забил 32 гола, став лучшим снайпером экстралиги. Затем в 2003 году был задрафтован "Нью-Йорк Рейнджерс" в восьмом раунде под общим 243 номером. Несмотря на это, Ян продолжил выступления за "Оцеларжи". В сезоне 2004/05 Марек был арендован "Спартой". В составе пражского клуба Марек принял участие в Кубке Шпенглера, но затем вернулся в "Оцеларжи", чтобы сыграть плей-офф.
В сезоне 2005/06 Марек подписал контракт со "Спартой", после чего провёл там один сезон. Затем во время его выступлений за сборную Чехии на него обратило внимание руководство магнитогорского "Металлурга", и, став перед тем со "Спартой" чемпионом Чехии, Марек перешёл в уральский клуб.
В сезоне 2006/07 Марек стал чемпионом России в составе магнитогорского "Металлурга". В сезоне 2008/2009 стал бронзовым призёром и лучшим снайпером Континентальной хоккейной лиги, а также участвовал в финале хоккейной Лиги чемпионов.
Яну Мареку было 32 года...
